בין הספרים שתורגמו: ספרי רפואה, פילוסופיה ואסטרונומיה. כך למד המערב להכיר את כתבי אפלטון ואריסטו. קבוצת מתרגמים תרגמה את הקוראן כולו בשנה אחת (1143). גם במאה ה-14 נמשכה פעילות התרגומים, כאשר העברית שימשה שפת ביניים. הרמב"ם כתב את ספרו הגדול, "מורה נבוכים", בערבית והוא תורגם קודם לעברית ורק אחר כך ללטינית. התרגום השפיע רבות על הסכולסטיקה (שיטת הלימוד) הנוצרית בימי הביניים. מרכז אחר היה בברצלונה, העיר שבה חיבר ר' אברהם בר חייא את חיבוריו במתמטיקה. היהודים תרמו תרומה חשובה לתחיית הלימודים הכלליים במערב אירופה ולפיתוחה של הספרות הספרדית. עבודותיהם של הקרטוגרפים (משרטטי המפות) היהודים במאה ה-14, אברהם קרשקש ובנו יהודה קרשקש (ממיורקה) וכן עבודתו של ר' אברהם זכות מסלמנקה, סייעו לכריסטופר קולומבוס בחישוביו האסטרונומיים לצורך מסעו הגדול.בדרך כלל, החצרן בחצרות המלכים (בממלכות קטלוניה-ליאון, ארגוניה-קטלוניה-ולנסיה ואחרות), היה יהודי. היהודים נמצאו בקשר ישיר עם המלך. הדבר נבע ישירות מן הזכויות שהוענקו להם בעבר, אך גם נבע מתפקידם הכלכלי. במשך מאות שנים ארגנו היהודים את מערכת המיסים. מערכת זו הייתה מקור ההכנסה הבלעדי של המלכים, וכך נוצרה תלות בין חצר המלכות לבין היהודים. עקב תלות זו, סבלו היהודים מהמחאות נגד המיסים, מחאות שבאו לידי ביטוי במהומות ובפרעות. חלק מאנשי הכספים היו מנהיגים בעלי שיעור קומה (כגון ר' חסדאי קרשקש ודון יצחק אברבנאל). אך חלקם היו אנשים שדיכאו את בני עמם, שקעו בעושר ובניוון ואף המירו את דתם.
הקהילה היהודית הייתה היחידה הבסיסית ובמסגרתה נמצאו כל המוסדות הנחוצים לחיים יהודיים. מנהיגי הקהילה הנהיגו את היהודים, ובכל מקום התאימו את היהודים עצמם לשלטון המקומי ויצרו דפוסים נפרדים ושונים, דפוסים שנעו בין שלטון ייצוגי לבין הישענות רבה יותר על הסכמה רחבה. ייתכן שעקב גיוון זה, כמעט שלא קמו ארגונים יהודיים ארציים (בשונה מהמצב ביהדות ארה"ב כיום). בברצלונה קמה "מועצת השלושים" שהורכבה מנציגי שלושת המעמדות: "גדולים", "בינוניים" ו"קטנים". בכמה קהילות היה, בנוסף למועצה, ועד פועל של נכבדים. ועד זה הופקד על ביצוע המדיניות שנקבעה על ידי המועצה. ההשפעה הגדולה הייתה בידי "גדולי הקהל" – בני המשפחות המיוחסות שבקהילה. הסדר החברתי בא לידי ביטוי בתקנות של הקהילות שקבעו את סדרי החיים החברתיים. התקנות עברו עם המגורשים לקהילות שהקימו בארצות השונות. מסורת ההתארגנות מרצון הובילה להקמת אגודות לעזרה הדדית ולצדקה (בדומה לעמותות הפועלות בישראל כיום).
היהודים המשיכו לשמור על שמות המשפחה הערביים שלהם,אם כי השימוש בערבית הלך ופחת ואת מקומו תפסה בדרך כלל השפה העברית (ולעיתים גם הארמית). היצירה המקורית של היהודים בספרד הנוצרית היא ה"קבלה", תנועה מיסטית ומשיחית שהתעצבה סביב ספר "הזוהר". המקובלים עסקו בסמלים, בדימויים, בצירופי אותיות ובמספרים כדי לפענח את סודות הבריאה ואת המשמעויות החבויות בתורה. כל אלו נועדו לפעולתו של המקובל שאמורה להשפיע על מעשי האל בעצמו ובכבודו, לתקן את העולם ולהביא את הגאולה. הפילוסופיה איבדה את מקומה וגם רמתה של השירה ירדה.
הקיום היהודי בספרד הנוצרית, כבמקומות אחרים, נשען על המלכים. במקומות אחרים באירופה כבר גורשו היהודים מן המדינה (באנגליה בשנת 1290 ובצרפת בשנת 1306) אבל בספרד, לפחות עד שלהי המאה ה-14, הגנו המלכים על היהודים. הדבר נבע מתפקידם המיוחד של היהודים כאנשי מנהל וקבלני מיסים. המלכים שאפו שהמנגנון השלטוני יהיה ריכוזי וכפוף אליהם. היהודים היו ילידי הארץ ומוכשרים אך נחשבו לבזויים בגלל דתם וחסרי כוח עצמאי משלהם ולכן ניתן היה להשתמש בהם בלי חששות ולהיפטר מהם בקלות בשעת הצורך. מסיבות אלו שימשו יהודים רבים כחצרנים וכמנהלנים בספרד הנוצרית בימי הרקונקיסטה. אומנם, מעת לעת נפלו חצרנים יהודים מרום מעמדם ואף הוצאו להורג, אך אלו שכשלו הוחלפו ביהודי אחר. המִנהל באותה עת התבטא בעיקר בהשכרת תפקידי משנה לאחרים ומטבע הדברים, אם יהודי עמד בראש הפירמידה, הועסקו יהודים אחרים על ידו בתפקידי המשנה.
במשך השנים, בנו היהודים את ספרד כמדינה ריכוזית למחצה ובסוף המאה ה-15 יכלו פרננדו ואיסבל לוותר עליהם ולגרשם מספרד מכיוון שבאותה עת כבר עמדו לרשותם קונברסוס (מומרים) רבים. מחוץ לאיבה של העירוניים ופשוטי העם סבלו היהודים גם מרוח התקופה שדגלה בניצור ברוח מסע הצלב של הרקונקיסטה. המלכים קיבלו את התפיסה הזו אך העלימו עין ממנה על פי צורכיהם. מסדרי הנזירים, ובייחוד הדומיניקנים, פעלו כדי לשבור את הקיום ההדדי של בני 3 הדתות (הקונוִיוֵנְסְיָה, convivencia).
במאה ה-14 נוצרו שני מקורות חדשים לאיבה נגד היהודים: "המוות השחור" ומלחמות האזרחים. אירופה כולה הייתה תחת פלישות ומלחמות. בנוסף לכל אלה, באמצע המאה, בא "המוות השחור": מגפה נוראה שהכחידה שליש מאוכלוסיית אירופה. מכיוון שלא היה כל הסבר לתופעה, האשימה האוכלוסייה את היהודים שנתפסו כזרים וכבעלי כוחות שטניים. כך אירע שהיהודים גם סבלו מהמגפה, גם נתפסו כאחראים לה וגם נענשו על ידי כל האחרים. התדמית השטנית השפיעה על הספרדים מכאן ואילך. ההסתה המתמשכת של הכומר פראן מרטינס בסביליה הובילה למעשים. ב-4 ביוני 1391 (פרעות קנ"א) פרץ ההמון אל שכונת היהודים בסביליה. כ-4,000 נרצחו, נשים וילדים נמכרו לעבדות ורוב היהודים שנשארו בחיים המירו את דתם. המהומות פשטו לרוב מחוזות ספרד: קורדובה, טולדו, מדריד, סיודד ריאל, סוֹריה, בורגוס, ולנסיה, ברצלונה, חֶרוֹנָה, מיורקה ועשרות ערים ומקומות נוספים. בכל מקום, מחוץ לרצח ולביזה, הועמדו יהודים בפני הברירה להיטבל או למות. פעמים רבות לא סייע בידם גם הניסיון למצוא מחסה במצודת העיר, בגלל שהשלטונות עצמם הסגירו את היהודים או שלא יכלו לשמור עליהם. הפוגרומים ביהודים היו גם ביטוי למרידה נרחבת יותר נגד השלטון. רק מעטים מתו על קידוש השם ורבים המירו את דתם לנצרות. המלכים הנוצריים הציעו ליהודים את הפיתוי להמיר את דתם ולהשתלב כ"נוצרים חדשים" בחברה. דווקא אנשי העילית של הקהילות היהודיות המירו את דתם והפכו למומרים (קונברסוס, conversos). חלק מן המומרים ניצלו את המציאות הזו והצליחו להתקדם בשירות הכנסייתי והממלכתי, אך התקדמות זו, דווקא הבליטה אותם עוד יותר. כמה מן המומרים הפכו לרודפים המסוכנים ביותר של אחיהם לשעבר. כך החלה בעיית האנוסים בספרד הנוצרית ונוצרה אוכלוסייה גדולה של "נוצרים חדשים". פרעות קנ"א היו אות הסיום לתקופת "הקיום יחד" (קוֹנְוִיוֵנְסְיָה, convivencia) בין דתות ותרבויות בספרד והחלו מאה שנות רדיפה וסבל שהובילו לגירוש.מדוע כה רבים המירו את דתם? ההיסטוריון יצחק בער טוען שהייתה זו בעיקר אשמתה של העילית, שדורות של עושר, השכלה פילוסופית והסתגלות חברתית החלישו את אמונתה (בער, תולדות היהודים, עמ' 304). אך גם פשוטי העם המירו את הדת. נראה שהבהלה, הפחד, האלימות שיצאה מכל שליטה וההיתר שנתן השלטון לכפות את המרת הדת בכוח יצרו מצב שהיהודים לא ידעו איך להתמודד אתו. שיטות ההישרדות של היהודים, שנשענו בעיקר על תמרון מול השלטון המרכזי, היו חסרות ערך במצב שבו השלטון בעצמו איבד שליטה.
התפרצויות אלימות כאלה היו גם בארצות אחרות באירופה ובהן, למשל, איטליה, צרפת, אנגליה והונגריה. יש המעלים טענות נגד מנהיגי היהודים מכיוון שלא קראו לקהלם למות על קידוש השם. אולם מעשה זה אינו מקובל ביהדות. הרמב"ם טען שהדרך הנכונה היא להמיר את הדת למראית עין ואחר כך לחזור ליהדות בארץ אחרת.
