בניגוד לרוב אנשי החצר, ר' שמואל הנגיד תמך בבנו הצעיר של חאבוס, באדיס. בשנת 1037 מת המלך חבוס. גורלו של שמואל הלוי היה תלוי במי שימונה ליורש והמהפכים בגורלם של החצרנים היהודים היו חדים ומהירים. למרבית המזל, בולוגין העדיף לתמוך באחיו באדיס, שמונה ליורש ע"י חאבוס. המלך באדיס העריך את נאמנותו של שמואל ומינה אותו למשנה למלך, אולם עדיין מצבו לא היה קל. בחצר המלכות נאבקו על ההשפעה אנדלוסים, ערבים, בֶּרְבֶּרִים וסלבים. אחמד אבן עבאס המשיך לחתור נגד שמואל הלוי, כתב לבאדיס איגרת שבה דרש לפטר את הווזיר היהודי ואף איים במלחמה. מלך אלמריה שאף לספח אליו את גרנדה ובשנת 1038 יצאו צבאות גרנדה ואלמריה לקרב מכריע, קרב שנערך ליד הכפרים הקרובים לגרנדה. הצבא הגרנדי בפיקודו של שמואל זכה בניצחון. מלך אלמריה נפל בקרב והווזיר אחמד אבן עבאס נפל בשבי, ושמואל הוליך אותו לגרנדה. למרות הכופר הגדול שהציע אבן עבאס, העדיף באדיס להוציאו להורג. כאשר נודע הדבר לשמואל, חיבר שיר ארוך ושלח אותו עם איגרת אל הקהילות היהודיות בארצות המזרח, במצרים ובתוניסיה, לבשר להן על ניצחונו. הוא אף ביקש להפוך את היום ליום זיכרון ולקבוע אותו לפורים של גרנדה. להלן קטע מהשיר (מתוך פרויקט בן יהודה):אֱלוֹהַּ עֹז / ר' שמואל הנגיד
...
בְּעֵת רָאָה אֲגַג, שׁוֹכֵן לְחוֹף יָם, וּמִשְׁנֵהוּ, בְּנוֹ-עַבַּאס מְקֹרָא,
כְּבוֹדִי אֶת פְּנֵי מַלְכִּי, וְכִי כָל דְּבַר מַלְכוּת וְעֵצָה בִּי גְזוּרָה,
וְכָל מִלָּה גְמוּרָה, בַּאֲשֶׁר לֹא גְּמַרְתִּיהָ אֲנִי, אֵינָהּ גְּמוּרָה —
15 חֲמָדוּנִי עֲלֵי הוֹדִי וּבִקְשׁוּ לְהָדְפֵנִי בְּיָדַיִם מְהֵרָה,
וְאָמְרוּ: אֵיךְ תְּהִי מַעְלָה לְעַם זָר עֲלֵי עַם זֶה, וּמֶמְשָׁלָה אֲשׁוּרָה?
וּמִשְׁנֶה זֶּה יְדַבֶּר בִּי גְּדוֹלוֹת וְרָעוֹת מִבְּלִי חִתָּה וּמוֹרָא,
וְחִבַּר אֶת כְּזָבָיו הָעֲצוּמִים וְהָרַבִּים בְּאִגֶּרֶת חֲקוּרָה,
וְחָלִילָה לְכָמוֹנִי לְדַבֵּר בְּפִי מִלָּה תְּהִי עָלָיו נְטוּרָה,
20 וּפִזַּר בַּמְּדִינוֹת אִגְּרוֹתָיו לְשַׁוּוֹת זֶה בְּפִי עַמּוֹ סְדוּרָה,
וְלַהְקִימָם עֲלֵי נַפְשִׁי בְּדִבָּה כְּדִבַּת נוֹשְׂאִים בַּמּוֹט זְמוֹרָה.
וְלֹא אוֹתִי לְבַד בִּקֵּשׁ לְהַשְׁמִיד בְּדִבָּתוֹ אֲשֶׁר בָּדָא וּבָרָא,
אֲבָל בִּקֵּשׁ לְהַכְרִית לַעֲדַת אֵל שְׁאָר וָנִין וְיוֹלֶדֶת וְהָרָה.
...
אֲזַי עָמַד כְּפִיר עַמִּים וְעָצַר בְּעַמּוֹ אַחֲרֵי אָבִיו עֲצָרָה,
וְכָתַב צוֹרֲרִי אֵלָיו בְּנַחַץ כְּתָב חָזָק וְרָם מֵאֵין פְּצִירָה,
וְשָׁלַח לוֹ: הֲתֵדַע כִּי שְׁמוּאֵל לְחַיּוֹתוֹ, בְּדָתֵנוּ, עֲבֵרָה?
35 וְאֵין שָׁלוֹם וְאֵין הַשְׁקֵט — וְנֶפֶשׁ יְהוּדִי זֶה בְּתוֹךְ גּוּפוֹ נְצוּרָה!
הניצחון על מלכות אלמריה חיזק את מלכות גרנדה, הגדיל את שטחה ואף נתן לה מוצא אל הים. בכל זאת, בתוך כמה חודשים, נעשה שוב ניסיון לתפוס את השלטון ושמואל הצליח בקושי רב להציל את עצמו ואת המלך מהסכנה. בנוסף לכך, עליית כוחה של ממלכת גרנדה הובילה אותה לעימות עם סביליה. העימות היה למעשה בין שני לאומים, מכיוון שממלכת סביליה הייתה ערבית בזמן שממלכת גרנדה הייתה בֶּרְבֶּרִית. לאחר שנאמנותו של שמואל הוכחה שוב ושוב, הטיל עליו באדיס גם את הפיקוד על הצבא. הצבאות היו קטנים, הם מנו כמה אלפי חיילים ורבים בהם היו שכירים בני לאומים שונים. בקיץ 1039 נאלץ שמואל לצאת למלחמה נגד ממלכת סביליה ולמזלו הרב נחל שוב ניצחון.
שמואל נאלץ להמשיך במסעות מלחמה, אולם בתוך כמה שנים הצליח להיפטר מאויביו. מעמדו הפך להיות איתן. הוא ריכז בידיו את כל קשרי החוץ, שוחח עם השליחים שבאו מארצות אחרות, הדריך שגרירים וקיבל דיווחים ממרגלים. באותה עת המשיך גם לטפל בענייני האוצר ובבעיותיה הפנימיות של הממלכה, ובמיוחד בפער שבין הבֶּרְבֶּרִים השליטים לבין האנדלוסים דוברי הערבית. שמואל גם השתתף בחיי החצר המלכותית, היה איש רעים לנסיכים ולשרים ושתה איתם יין, דבר שהיה מקובל מאוד במעמדות הגבוהים למרות שהאסלאם אסר על שתייתו. הערכתו של המלך באדיס באה לידי ביטוי בתארים חדשים שהעניק לו, כגון "סאחב אל-שוּרטָה" – ראש המשמר. שמואל גם הצליח למצוא זמן למשפחתו. אחרי בנו בכורו יהוסף נולדו לו בנו יהודה, בת אחת ובנו אליסף. הוא היה אב אוהב ומסור לילדיו, באותה מידה שהיה נאמן לידידיו ונקמן לאויביו. שמואל שקד על חינוך ילדיו ובמיוחד שקד על חינוך בנו יהוסף שהראה סימנים של כישרון מיוחד. יהוסף אף החל לערוך את השירים של אביו בגיל צעיר מאוד. בזמן שהיה במחנה הצבא, לפני מלחמה, העתיק שמואל שירים בערבית ושלח אותם ליהוסף. יהוסף חלה באבעבועות והתאושש, אך אחריו חלתה הבת ומתה. שמואל היה עדיין באחד ממסעי המלחמה שלו ולא היה יכול לקבור אותה. הוא כתב קינה ובה הביע את צערו העמוק. בן אחר, יהודה, מת גם הוא בגיל צעיר.
כאשר הגיע שמואל אל העשור השישי לחייו, נתנו בו הדריכות, המתח והמאמצים את אותותיהם. הוא נחלש מאוד ובשנת 1044 חלה ונפל למשכב. אולם לאחר 3 חודשים הוטב מצבו. בזמן שמעמדו של שמואל התחזק, ירד כוחו של המלך באדיס. לאחר שהתבגר, העדיף המלך להסתגר בארמונו, הזניח את ענייני השלטון וסמך על הווזיר הראשי, שמואל. העימות עם סביליה המשיך והחריף. שמואל הצליח להקים ברית מלכים נגד סביליה הערבית אך מלך סביליה השתמש ביהדותו של שמואל כנשק כדי להשחיר את דמותו בעיני הערבים והבֶּרְבֶּרִים. המסע שערכה גרנדה לכיבוש סביליה נכשל ובני הברית של גרנדה נטשו אותה. שמואל אף נפל בשבי באחד הקרבות – אך ניצל בדרך נס.
בתוך המלחמות הבלתי פוסקות בספרד המוסלמית במאה ה-11 לא הייתה הפוגה. הנסיכויות הקטנות נלחמו זו בזו, התישו את עצמן ונחלשו בזמן שאויביה הנוצרים של אנדלוסיה האסלמית הגבירו את כוחן והתמידו ברקונקיסטה, הכיבוש מחדש של חצי האי האיברי מידי המוסלמים. לפיכך, בכל השנים שבהן היה וזיר, כמעט בכל שנה, יצא שמואל הלוי למלחמה. נופה של ספרד תלול מאוד וכל מסע היה כרוך בטיפוס בהרים ובחציית נהרות. כאשר ממלכת גרנדה עצמה לא יצאה למלחמה, נאלץ המלך באדיס -ואיתו הווזיר לצאת למלחמות כדי לסייע לבני בריתו. בשנת 1046, שנים רבות לאחר שברח מקורדובה בהיותו בן 20, עבר כשהוא מוביל צבא רב למלחמה במעבר מלא חול ונזכר איך עבר באותו מקום כפליט בורח. הוא הנציח את רגשותיו בשיר "התדע מעבר החול", להלן (פרויקט בן יהודה):
הֲתֵדַע מַעֲבַר הַחוֹל / ר' שמואל הנגיד
הֲתֵדַע מַעֲבַר הַחוֹל, בְּעָבְרִי / בְּךָ חָרֵד וּבוֹרֵחַ בְּמַקְלִי?
וְהַיּוֹם אֶעֱבֹר בָּךְ – וְאֲחוֹרַי / רְבָבוֹת, כַּאֲבִיהֶם יִשְׁמְעוּ לִי,
וְיוֹחִילוּ לְאִמְרֵי פִי כְּמָטָר, / וְיַקְשִׁיבוּ כְּאֶל חָזוֹן לְשִׂכְלִי,
וְיַעַן בֵּרְכָם אֵלִי לְרַגְלִי – / לְרָצוֹן נִמְשְׁכוּ הַיּוֹם בְּחַבְלִי.
בשנת 1053, בהיותו בן 60, יכול היה שמואל להתבונן לאחור בגאווה ובסיפוק. אומנם היו לו שונאים ומעת לעת חוברו שירים שבהם הותקף שלטון היהודים בגרנדה ונטען שהיהודים התעשרו, נהגו להבליט את עושרם וגם שלקחו לעצמם נשים מוסלמיות. אולם למרות יהדותו הוא זכה להערכה רבה ביותר. הצלחתו הייתה ללא תקדים כיהודי שנעשה גם משנה למלך וגם פיקד על הצבאות של ממלכה אסלמית. עצם יכולתו לשמור על מעמדו עשרות שנים ביטא הישג יוצא דופן. כישרונו, אומץ לבו, יכולתו לדבר עם השרים והפקידים – זכו להערכה רבה. הוא היה בן ספרד וככל בני ארצו בערו בו רגשות הנקם והכבוד. מול טענות האנדלוסים המוסלמים שהמציאו לעצמם שושלות יוחסין שהקנו להם אצילות וכבוד, העמיד את זכות אבותיו, הלוויים, ששוררו בבית המקדש. נאמנותו לשבט הצנהג'ה, לדת היהודית ולעם היהודי הייתה שלמה לחלוטין. זה היה הפתרון שמצאו לעצמם היהודים בארץ שהיו בה עמים רבים והם עצמם היו מפוזרים בין ממלכות שונות ואויבות זו לזו. כאשר היה לווזיר ראשי ראה בעלייתו לתפקיד נכבד כל כך אות מאלוהים. אויביו היו בעיניו לאויבי ישראל וניצחונותיו היו בעיניו לניצחון העם היהודי כולו. כאשר יצא למלחמה ביקש בכל לבו עזרה מאלוהי ישראל ודימה לעצמו שמלאכים משמים באו להושיעו. לכן הוא ציווה לבשר על ניצחונותיו לקהילות ישראל ולקבוע פורים, כדי שיזכרו אותם לדורות. אומנם, לאחר שנים רבות שבהן הגיע למעמד כל כך גבוה, הפלתו הייתה עלולה להמיט שואה על הקהילה היהודית בגרנדה. המשך יבוא.
